Součástí botanické zahrady jsou také akvária se sladkovodními i mořskými živočichy, která návštěvníkům umožňují nahlédnout do rozmanitého světa vodních ekosystémů z různých koutů světa. Expozice doplňují rostlinné sbírky a ukazují, jak úzce je život ve vodě propojen s okolním prostředím.
Ve sladkovodních nádržích se představují druhy pocházející například z Jihoamerických řek, afrických mokřadů či severoamerických vod, včetně ryb s velmi starobylým původem. Některé z nich jsou označovány jako „živoucí fosilie“ a připomínají dávné vývojové etapy života na Zemi.
Mořská akvária přibližují svět tropických oceánů a korálových útesů. Návštěvníci zde mohou obdivovat nápadně zbarvené ryby, dravé obyvatele útesů i bezobratlé živočichy, kteří žijí v úzké symbióze s řasami a korály. Expozice ukazují nejen krásu, ale i křehkost mořských ekosystémů.
Akvária jsou zařízena tak, aby co nejvíce připomínala přirozené prostředí jednotlivých druhů a umožnila pozorovat jejich typické chování, způsob pohybu i lovu potravy.
Kromě akvarijních expozic se v botanické zahradě nacházejí také další vodní a obojživelní živočichové, kteří nejsou přímou součástí akvárií, ale patří k významným chovaným druhům zahrady. Patří mezi ně například kajman brýlový nebo axolotl mexický – druhy, které zaujmou nejen svým vzhledem, ale i výjimečnými biologickými vlastnostmi.
tramvaj č. 2 nebo č. 3 směr Lidové sady, zastávka Botanická zahrada
Od tramvajové zastávky Vás čeká ještě 7 minut chůze k hlavnímu vchodu do zahrady.